เป็นตราที่มีวงกลมซ้อนกัน 2 วง วงกลมวงนอกมีรัศมี 4.5 เซนติเมตร ด้านบนมีชื่อโรงเรียนว่า “โรงเรียนเอกอโยธยา” ส่วนด้านล่างมีที่ตั้งของโรงเรียนว่า “อำเภอบางปะอิน จังหวัดพระนครอยุธยา” สำหรับวงกลมวงใน มีรัศมี 3.5 เซนติเมตร มีลักษณะเป็นโล่ ด้านในของโล่เป็นสี่เหลี่ยมผืนผ้า มีรูปเด็กชาย และเด็กหญิงสวมชุดครุยอยู่ภายใน เหนือกรอบสี่เหลี่ยมผืนผ้า มีชื่อโรงเรียนเป็นภาษาอังกฤษว่า “AKE AYOTHAYA” ส่วนใต้กรอบมีคำว่า “SCHOOL” ด้านบนของโล่มีเพชรเปล่งรัศมี มีเส้นประกายรัศมีจำนวน 5 เส้น ด้านล่างของโล่เป็นริบบิ้น มีชื่อโรงเรียนภาษาไทยว่า “ โรงเรียนเอกอโยธยา” และมีอักษรย่อ “อ.อ.ย.” อยู่ภายใน ส่วนทั้ง 2 ด้านมีดอกบัวอยู่ข้างละ 5 ดอก

      วงกลม หมายถึง ความกลมเกลียวรวมเป็นหนึ่งเดียวเพื่อนำไปสู่การศึกษาคือทุกสิ่ง ทุกสิ่งคือการเรียนรู้ (วงกลมนอก หมายถึง สังคมภายนอก ชุมชน สถาบันต่าง ๆ ให้การสนับสนุนในการจัดการศึกษาอย่างมีคุณภาพ วงกลมภายในหมายถึง ผู้บริหารสถานศึกษา คณะครูและบุคลากรทางการศึกษา นักเรียน มีความสามัคคี นำพาโรงเรียนไปสู่เป้าหมายของสถานศึกษา)

     ดอกบัว หมายถึง ความเจริญเติบโตทางปัญญา, การส่งเสริมให้นักเรียน ครู และบุคลากรปฏิบัติตน ตามหลักธรรมคำสอนของพระพุทธศาสนา หรือตามหลักคำสอนในศาสนาที่ตนนับถือ (ดอกบัวด้านซ้ายหมายถึง พละ 5 ดอกบัวด้านขวาหมายถึง อินทรีย์ 5 รวมเป็น 10 ดอก หมายถึงบารมี 10 ทิศ อันเป็นหลักธรรมให้ประสบความสำเร็จในการศึกษาและการใช้ชีวิต)

     เพชร หมายถึง ความเป็นเลิศ คือส่งเสริมเยาวชนให้มีความเป็นเลิศอย่างครบถ้วน ทั้ง 5 ด้าน ได้แก่ร่างกาย อารมณ์ สังคม สติปัญญา และคุณธรรม

     เด็กชาย และเด็กหญิงสวมชุดครุย หมายถึง กุลบุตร กุลธิดาได้รับการศึกษาอย่างเท่าเทียม โดยไม่แบ่งแยกความแตกต่างระหว่างเพศ หรืออุปสรรคใด ๆ มาขวางกั้นความเจริญรุ่งเรืองทางปัญญา

     โล่ หมายถึง ความประพฤติดี ความรู้ดี ของกุลบุตร กุลธิดา จะเป็นเครื่องป้องกันอันตรายทั้งปวง